El Consejo Rector es la máxima autoridad del SBD está integrada por: El Ministro(a) de Economía, Industria y Comercio (MEIC), el Ministro(a) de Agricultura y Ganadería (MAG), un representante del sector industrial y de servicios designado por la Cámara de Industrias de Costa Rica, un representante del sector agropecuario designado por la Cámara Nacional de Agricultura y Agroindustria y un miembro independiente, nombrado por el Colegio de Profesionales en Ciencias Económicas de Costa Rica.
La Secretaría Técnica es la instancia encargada de la ejecución, articulación, coordinación e implementación de los alcances de la Ley.
Los comités asesores, competencia Consejo Rector, estarán integrados al menos por 3 miembros de los cuales 1 debe ser miembro del Consejo Rector y los comités administrativos son competencia de la Dirección Ejecutiva, su integración es exclusiva con personal de la ST a excepción de ser necesaria la participación de un independiente debidamente justificado.
Ministra de Economía, Industria y Comercio (MEIC) y Presidenta del Consejo Rector.
Ministro de Agricultura y Ganadería (MAG) y Vicepresidente del Consejo Rector.
Presidente de la Cámara Nacional de Agricultura y Agroindustria (CNAA) y Director del Consejo Rector.
Presidente de Academia de Centroamérica y Director del Consejo Rector.